Mae Deddf Llywodraeth Cymru 2006 yn rhoi i Gynulliad Cenedlaethol Cymru bwerau arwyddocaol newydd i ddeddfu, ac mae’n cryfhau ei rôl graffu. Mae hefyd yn creu Llywodraeth Cynulliad Cymru sydd ar wahân yn gyfreithiol a chorff corfforaethol newydd, sef Comisiwn Cynulliad Cenedlaethol Cymru (Comisiwn y Cynulliad) a fydd yn gyfrifol am ddarparu eiddo, staff a gwasanaethau i gefnogi Aelodau’r Cynulliad. Mae’r Comisiwn yn cynnwys y Llywydd a phedwar Aelod arall a enwebwyd gan y prif bleidiau gwleidyddol. Cyflogir staff y Comisiwn gan y Comisiwn ac mae Prif Weithredwr a Chlerc y Cynulliad yn bennaeth arnynt.
